Wieś położona w centralnej części gminy, nad rzeką Huczwą, w obrębie Kotliny Hrubieszowskiej. Jej nazwa związana jest z florą terenową i pochodzi od wierzby - nazwa ruska: verba, verbka. Współczesna wieś powstała być może już w VII-VIII wieku co potwierdzają badania archeologiczne wykazujące ciągłość osadnictwa od tego okresu.
W wyniku badań powierzchniowych prowadzonych w ramach Archeologicznego Zdjęcia Polski (AZP) na terenie miejscowości odkryto 33 stanowiska (punkty osadnicze). Najstarszy zabytek w postaci niewielkiego fragmentu naczynia glinianego pochodzi z wczesnego neolitu i jest związany z kulturą ceramiki wstęgowej rytej (5500-5200 r. p.Chr.). Znacznie liczniejsze ślady osadnictwa łączą się z kulturą malicką (5200-4800 r. p.Chr.). Na terenie Werbkowic odkryto osadę tej kultury, z kilkoma jamami gospodarczymi i licznymi fragmenami naczyń glinianych. Podczas badań wykopaliskowych prowadzonych pod koniec lat pięćdziesiątych odkryto osadę ludności kultury lubelsko-wołyńskiej (4700-3400 r. p.Chr.), gdzie obok jam gospodarczych i chaty trapezowatej odsłonięto również rów. Wśród zabytków ruchomych znaleziono naczynia gliniane i ich fragmenty oraz narzędzia krzemienne, kościane i kamienne.
Dość gęsto występują na terenie miejscowości stanowiska kultury pucharów lejkowatych (4200- 2900 r. p.Chr.), znane z badań wykopaliskowych, powierzchniowych i luźnych znalezisk. Wśród zabytków tej kultury na uwagę zasługuje gliniana, dwuucha amforka, przęśliki gliniane oraz wyroby krzemienne: siekiery, wiórowce i wióry. Wykopaliskowo przebadano dwie osady tej kultury odkrywając niezbyt liczny materiał ceramiczny, 6 narzędzi krzemiennych oraz dwa odłupki i fragment wióra krzemiennego. Niewielka ilość materiału świadczy o sezonowym charakterze osady. Ze schyłkowoneolityczną kulturą ceramiki sznurowej (2900-2200 r. p.Chr.) należy łączyć krzemienną siekierę znalezioną na powierzchni. Licznie występują na omawianym terenie materiały datowane na wczesną epokę brązu. Zarejestrowano tutaj zabytki związane zarówno z kulturą mierzanowicką (2300-1600 r. p.Chr.) jak i strzyżowską (1750- 1600 r. p.Chr.). Obok ceramiki, niekiedy nawet ornamentowanej występują narzędzia krzemienne w postaci siekierek, grotów, noża sierpowatego oraz skrobaczy. Dość bogaty materiał, głównie caramiczny, związany jest z kulturą trzciniecką (1600- 1200 r. p.Chr.) oraz łużycką (1200-400 r. p.Chr.). Śladowo, bo w postaci zaledwie kilku fragmentów ceramiki, jest również znana na tym terenie grupa czerniczyńska (200 r. p.Chr. - pocz. n.e). Dość ciekawym i unikatowym na tych terenach znaleziskiem jest, odkryta w pobliżu mostu na Huczwie, brązowa moneta grecka. Pochodzi ona z ok. 330 r. p.Chr. prawdopodobnie z Syrakuz, ówczesnej kolonii korynckiej. Dość liczny materiał ceramiczny, w tym dwa fragmenty toczone na kole, związany jest z kulturą przeworską (pocz. n.e - III w. n.e). Dalsze materiały ceramiczne pochodzą z okresu wczesnośredniowiecznego. Już od wieku VII-VIII zarejestrowano ciągłość osadnictwa, a jego gęstość wzrasta w następnych okresach. Od wieku X osadnictwo to zapewne związane było z grodem w Czerwieniu.
Pierwsza wzmianka o miejscowości pochodzi z roku 1394, kiedy została wymieniona w nowo powstałej parafii łacińskiej w Grabowcu. W 1401 roku właścicielem wsi był Micz, zaś w roku 1431 Aleksander. Z XV wieku znanych jest jeszcze czworo dalszych właścicieli: Jan (1447-1479), Jakub Śmietanka, wojski chełmski (1453), Aleksander (1493) i Aleksandra Niedospilska (1491-94). Była to wówczas średniej wielkości wieś. Rejestr poborowy z roku 1472 notował w Werbkowicach 4 łany użytków rolnych, młyn o dwóch kołach, zapewne wodny oraz karczmę. W zapisce sądowej w Bełzie pod datą 6 marca 1469 roku wymieniono „robotnego” Andrzeja z Werbkowic, z powodu zagrabienia dwu wołów i różnych rzeczy wartości 5 grzywien z dworu w Turkowicach, dzierżawy Mikołaja z Siebieczowa oraz Pawła, młynarza z Werbkowic, któremu z kolei rządca Mikołaja z Siebieczowa Stefan zabrał na drodze trzy woły i zapędził do swej stajni.
Na początku XVI wieku Werbkowice dzierżawił Paweł Komorowski, który w 1522 roku odstąpił je swemu zięciowi Piotrowi Ściborowi, żonatemu z Zofią Komorowską. W 1578 roku wieś należała do [Agnieszki] Mireckiej i [Piotra] Stabrowskiego. Wówczas Werbkowice liczyły 3 łany użytków, 5 zagrodników, 4 komorników oraz 1 rzemieślnika.
Zapewne już w XV wieku istniała w Werbkowicach siedziba szlachecka, ale o jej wyglądzie nic nam nie wiadomo. Wzmianki o dworze pochodzą z XVII wieku, kiedy istniał we wsi dwór murowany na planie prostokąta, trójdzielny, dwutraktowy z sienią na osi. W jednym trakcie była izba biała o 4 oknach, ogrzewana zielonym piecem kaflowym i kominkiem „do świecenia” oraz komnata ogrzewana zielonym piecem kaflowym o 1 oknie. W drugim trakcie była piekarnia o 2 oknach z komorą, z której prowadziły drzwi do sadu. W sieni zanotowano 2 okna. Dwór był kryty słomą. Wybudowano go zapewne w 2 poł. XVI wieku.
Informacja jakoby w 1 poł. XVII wieku właścicielami wsi byli Zamoyscy odnosi się do Wirkowic k/Tarnogóry, natomiast w 1664 roku Werbkowice należały do Andrzeja Wiśniowskiego herbu Prus I, sędziego grodzkiego chełmskiego, żonatego z Zofią Świrską. Wiśniowski zmarł między 1665 a 1668 rokiem, a wdowa po nim wyszła powtórnie za mąż za Jana Karola Romanowskiego. W rejestrze poborowym z 1677 roku właścicielem wsi figurował [Mikołaj] Firlej. Pod koniec XVII wieku Werbkowice należały do Aleksandra Łaszcza i jego żony Katarzyny z Firlejów, którzy ufundowali tu cerkiew drewnianą w roku 1690 i erygowali parafię unicką. Następnym właścicielem wsi został Karol Sapieha herbu Lis, ożeniony w 1722 roku z Marianną z Firlejów i w wianie otrzymał Werbkowice. Umarł jednak bezpotomnie w 1768 roku. Część majątku po Firlejach (klucz werbkowicki i terebiński) w 1754 roku trafiła w ręce dzieci Antoniego Gołuchowskiego i Anny Noskowskiej, z których Józef sprzedał swoją część bratu Konstantemu w 1763 roku, Marianna sprzedała swemu mężowi Kempistemu w 1764 roku i Hryniewickiemu w 1780 roku, a Konstanty sprzedał Małachowskiemu. W latach 1753-1767 roku dobra należały do Karola Sapiehy, wojewody brzeskiego, a w 1771 roku właścicielem części wsi był Andrzej (Jędrzej) Sierakowski. Od licznych spadkobierców (m. in. Anny 1. v. Kopciowskiej, 2-v. Niemierzy z Noskowskich, Barbary Krzywickiej z Noskowskich - obie córki Adama Noskowskiego i Katarzyny z Firlejów, Ignacego Sierakowskiego oraz spadkobierców Antoniego Gołuchowskiego i Anny Noskowskiej) w latach 1773- 1788 dobra kupił Teodor Szydłowski, wojewoda płocki. W 1793 roku sprzedał on Werbkowice za 120 tys. złp Adamowi Kazimierzowi Szydłowskiemu herbu Lubicz, sędziemu powiatu hrubieszowskiego, żonatemu pierwszy raz z Pauliną Marianną Patro, a drugi raz z Leokadią Ignacją Paździecką. Po Adamie majątek mocno zaniedbany odziedziczył w 1842 roku syn Antoni, żonaty najpierw z Iżycką, a następnie z Elżbietą Richthofenową. W krótkim czasie doprowadził gospodarstwo do rozkwitu specjalizując się w hodowli owiec. Jego owczarnia była jedną z najstarszych i największych w Królestwie Polskim. W roku 1848 liczyła 1945, a w 1860 - 2267 owiec.
Prawdopodobnie Adam Szydłowski wzniósł w Werbkowicach w 1 poł. XIX wieku dwór. Był to budynek parterowy, ośmioosiowy, nakryty wysokim, gładkim dachem naczółkowym. Taki właśnie budynek przedstawia rycina z roku 1836. W 2 poł. XIX wieku przebudowano dwór na pałac. W obu częściach bocznych pałacu dodano po jednej kondygnacji. Przy elewacji wschodniej wzniesiono zupełnie nowe, dwuosiowe skrzydło parterowe. Przebudowany pałac zyskał nową dekorację w postaci bogatych obramowań ślepych okien piętrowych części budynku. Wysoki dach nad częścią środkową budynku zastąpiono dachem niższym, dwuspadowym. Skrzydła piętrowe nakryto dachem czterospadowym, natomiast skrzydła parterowe dachem płaskim. Zespół dworski obok pałacu składał się ze stajni, oficyny i rządcówki. Najstarszą budowlą była oficyna, wybudowana prawdopodobnie w końcu XVIII wieku, przebudowana prawdopodobnie w 3 ćwierci XIX wieku. Pozostałe trzy budynki, w tym pałac, zostały wzniesione w 1 poł. XIX w. Przed pałacem i poza nim ciągnęły się otwarte gazony, jednak większa część parku krajobrazowego z alejami dębową i jesionową znajdowała się z tyłu pałacu.
Po Antonim Szydłowskim w 1891 roku dobra w części odziedziczyła żona Elżbieta Richthofen- Szydłowska, a w części Antoni Borżewski. Ten ostatni był spadkobiercą 3/4 majątku, który sprzedał w 1902 roku Edwardowi Chrzanowskiemu, a ten z kolei w 1908 roku przekazał go swojej córce Teresie. Po Elżbiecie Szydłowskiej w 1912 roku majątek odziedziczyła Eliza z Michałowskich Śląska i odsprzedała go jeszcze w tym samym roku Teresie z Chrzanowskich Rulikowskiej. Nowa właścicielka wychodząc za mąż w 1908 roku za Wincentego Rulikowskiego wniosła mu Werbkowice w wianie.
W 1926 roku 15,58 ha odkupił od Rulikowskich Skarb Państwa z przeznaczeniem na rozbudowę torów kolejowych. Teresa Rulikowska (zm. 1944 r.) i jej córka Wincentyna były ostatnimi właścicielkami Werbkowic. W czasie okupacji w 1943 roku majątek na krótko przejęło Generalne Gubernatorstwo, a w roku 1946 dobra o powierzchni 1085,34 ha przejęto na rzecz Skarbu Państwa.
W XIX wieku Werbkowice były średniej wielkości wsią. Spis z 1827 notował wieś w powiecie hrubieszowskim i parafii Grabowiec. Liczyła wówczas 60 domów i 346 mieszkańców. Ranga wsi jednak systematycznie rosła. W 2 poł. XIX wieku w Werbkowicach utworzono szkołę początkową i urząd gminy (1867 r.), a na obszarze folwarku powstała gorzelnia oraz dwa młyny: amerykański o sile 50 koni mechanicznych i zwyczajny (wodny). Ponadto w folwarku prowadzono wydobycie torfu od roku 1872 z pokładu liczącego 10 stóp grubości na obszarze 600 mórg. Dobra werbkowieckie składały się wówczas z trzech folwarków: Werbkowice, Teofilówka i Elżbiecin. Wieś liczyła 62 domy i 796 mórg ziemi włościańskiej.
Od 1867 roku istniała w Werbkowicach gmina, w skład której weszły: Gozdów, Alojzów, Hostynne, Konopne, Kotorów Łysa Góra, Łotów, Malice, Podhorce, Strzyżowiec, Terebiń i Terebiniec.
Tradycje szkolne sięgają roku 1881, kiedy według Kroniki Szkolnej powstała w Werbkowicach przy cerkwi szkółka rosyjska. W pod koniec XIX wieku (ok. 1890 r.) wzniesiono w miejscowości drewniany budynek szkolny. Pełnił on swą funkcję do II wojny światowej. Początkowo była to tzw. szkółka przycerkiewna. W 1904 roku uczył tutaj Stefan Byszko, a w 1914 roku nauczycielami w szkole 2-klasowej byli: Aleksander Grusza, Wiera Owad i Nina Owad. Szkoła polska powstała w 1918 roku, ale działała tylko kilka miesięcy. Dopiero w roku następnym do Werbkowic przyjechała a Zofia Geissler i zorganizowała szkołę, którą kierowała przez cały okres międzywojenny, aż do 1939 roku. Początkowo uczyła sama, ale corocznie przybywało nauczycieli. W okresie międzywojennym uczyli m. in.: Jadwiga Szmbarówna, Czesława Szneider-Głuszczykowa, Jadwiga Mitroszewska- Waldekowa, Elżbieta Czerwińska, Dobrzańscy, Kazimierz Pomorski i Grzegorz Bździuch-Minorowski. W czasie II wojny światowej budynek starej szkoły pełnił funkcję kościoła i plebanii, bowiem dotychczasowe budynki kościelne zajęli Ukraińcy na cerkiew i popówkę. Po wojnie w starej szkole urządzono siedzibę Gromadzkiej Rady Narodowej, a potem posterunek Milicji Obywatelskiej. Od 1976 roku ponownie budynek zaadaptowano na cele szkolne.
W latach 1926-28 wybudowano w Werbkowicach nową murowaną 7-klasową szkołę. Budynek ten podczas II wojny światowej Niemcy zamienili na magazyn i posterunek policji. Początkowo dzieci polskie uczyły się w pomieszczeniach prywatnych, a od 1940 roku przeniesiono szkołę do Terebińca, do pomieszczeń dworskich tzw „Belwederu”. Zimą 1943 roku naukę przerwano na prawie jeden rok. Dopiero jesienią 1944 roku wznowiono naukę w tej szkole. Wówczas kierownikiem 7-klasowej placowki na okres 1 roku został Edward Siwek. Po nim funkcję tę sprawowali kolejno: Franciszek Lipko (1945-1960), Aleksy Kulawczuk (1960-1962), Włodzimierz Iwanowicz (1962-1965), Stanisław Barczuk (1965-1982), Mieczysław Szafran (1983-1984), Jan Guźmięga (1984-1989), Lucyna Nowosad (1989-1992), Alfreda Szpak (1992-1993), Eugeniusz Kaczan (1993-1997), Alicja Kusiak (1998-1999) i Beata Kusier (1999-2009).
W 2009 roku utworzono Zespół Szkół w Werbkowicach, w skład którego weszło Gimnazjum i Szkoła Podstawowa. Dyrektorką Zespołu została Maria Kaliszczuk, jej zastępczynią w Szkole Podstawowej jest Alicja Wróblewska, a w Gimnazjum Marek Mazur.
Na pocz. lat 90-tych rozpoczęto budowę nowej szkoły. Jednopiętrowy, murowany budynek z 18 salami lekcyjnymi oddano do użytku w 1996 roku. W tym budynku obok Szkoły Podstawowej mieści się także Gimnazjum, którego pierwszą dyrektorką w latach 1999-2000 była Grażyna Sanocka. Później funkcję tę pełnili: Alicja Kusiak i Wojciech Siuda. W 2009 roku Gimnazjum weszło w sklad Zespołu Szkół.
W 1957 roku przy Szkole Podstawowej utworzono 3-klasową Szkołę Przysposobienia Rolniczego. Uczyły w niej trzy nauczycielki: Teodora Dłużniewska, Halina Kaczanowska i Halina Kulakiewicz. Do szkoły tej uczęszczało ok. 50 okolicznych rolników. Dyrektorem szkoły był Aleksy Kulawczuk, jednocześnie dyrektor Szkoły Podstawowej. Szkoła ta istniała do poł. lat 60-tych.
Od początku istnienia wsi znaczna część ludności była narodowości ruskiej. Dlatego w roku 1690 Aleksander Łaszcz, ówczesny właściciel wsi wybudował drewnianą cerkiew i erygował w Werbkowicach parafię unicką. W 1760 roku była tu drewniana cerkiew parafialna p.w. św. Michała Archanioła, która należała do dekanatu hrubieszowskiego. Być może już wówczas tutejszym parochem był ks. Bazyli Narodosławski, notowany na tym stanowisku w 1773 roku. W 1840 roku w skład unickiej parafii wchodziły: Werbkowice, Konopne i Kotorów. Liczyła wówczas 714 parafian. W 1864 roku wzniesiono cerkiew z fundacji Antoniego Szydłowskiego, którą po 1875 zamieniono na prawosławną. W 1918 roku dotychczasową cerkiew p.w. św. Michała Archanioła rekoncyliowano na kościół rzymskokatolicki p.w. Wniebowzięcia NMP i św. Michała Archanioła. Jest to świątynia orientowana, o konstrukcji wieńcowej, trójdzielna: babiniec w rzucie prostokątny, w połowie długości przedzielony ścianą, posiada w części frontowej przedsionek; prezbiterium zamknięte jest trójbocznie, a po jego obu stronach zakrystie. Pierwotnie istniała tylko jedna zakrystia południowa, drugą dobudowano w roku 1950. Nad babińcem znajduje się kwadratowa wieża nakryta czworobocznym dachem. Z frontu przylega do budowli ganek wsparty na dwóch profilowanych słupach, nakryty dwuspadowym dachem. W 1 poł. XIX wieku (1819-1837?) proboszczem parafii był ks. Bazyli Lebedyński, natomiast ks. Jan Rogalski (Młodszy) i ks. Roman Rogalski byli tu administratorami. Od 1875 roku proboszczem (już prawosławnym) był ks. Michał Żelechowski, a w 1904 roku tutejszym duchownym prawosławnym był Arsenij Budziłowicz.
W latach 1394-1913 rzymskokatolicka ludność Werbkowic należała do parafii katolickiej w Grabowcu, a w latach 1913-1919 do Trzeszczan. Parafia rzymskokatolicka w Werbkowicach została erygowana dekretem biskupa Mariana Leona Fulmana dnia 7 listopada 1919 roku. Organizatorem parafii i pierwszym jej proboszczem w latach 1919-1923 był ks. Józef Sikorski. Na kościół parafialny przeznaczono rekoncyliowaną w 1918 roku drewnianą cerkiew p.w. św. Michała Archanioła. W roku 1923 do parafii należały: Werbkowice, Hostynne, Peresołowice, Podhorce, Terebiń i Malice. W 1923 roku proboszczem został ks. Jan Stromke, a w latach 1924-1930 ks. Kazimierz Czekański. Za jego probostwa przeprowadzono remont kościoła i wybudowano organistówkę. W latach 1930- 1932 proboszczem w Werbkowicach był ks. Andrzej Morusa, a w latach 1932-1944 ks. Franciszek Zenta. W tym czasie pozyskano od właścicielki miejscowego folwarku - Teresy Rulikowskiej, grunt pod cmentarz grzebalny. Następcą ks. Zenty był ks. Wojciech Zwolak (1944-1946), który od 1945 roku był proboszczem nominalnym, gdyż po ucieczce, ze względu na grożącą mu śmierć ze strony Ukraińców, do parafii już nie powrócił. Po przesiedleniu znacznej ilości mieszkańców Werbkowic pochodzenia ukraińskiego za Bug, do Werbkowic w 1945 roku przybyła ludność katolicka zza Buga z ks. Franciszkiem Klingerem, który został proboszczem tutejszej parafii na przeciąg 41 lat. W okresie powojennym na terenie parafii powstały 3 kościoły filialne: w Hostynnem, Podhorcach i Terebiniu, przekształcone z dotychczasowych cerkwi. Dnia 20 maja 1986 roku ks. kanonik F. Klinger przeszedł na emeryturę, a proboszczem został ks. Adam Marek. W 1989 roku rozpoczęto budowę nowego kościoła, który uroczyście konsekrował biskup zamojskolubaczowski Jan Śrutwa 29 czerwca 1997 roku. Obecnie do parafii należą: Wilków, Werbkowice i Łysa Góra. W latach 2001-2008 funkcję proboszcza pełnił ks. Tomasz Rogowski, a od roku 2008 ks. Marian Oszust.
Wraz z utworzeniem parafii rzymskokatolickiej w 1919 roku założono cmentarz grzebalny, który poszerzono w połowie lat 30-tych XX wieku. Cmentarz ten użytkowany jest do dziś.
Doniosłym wydarzeniem dla miejscowości była budowa w 1916 roku kolei normalnotorowej łączącej Zamość z Włodzimierzem Wołyńskim i wąskotorowej ze Strzyżowa do Uhnowa. Oba te szlaki wybudowane przez Austriaków łączyły się w Werbkowicach. W roku 1928 wybudowano tu murowany dworzec kolejowy i stację pomp. Tuż przed wybuchem II wojny światowej zbudowano utwardzoną drogę na trasie Hrubieszów-Zamość, która przebiegała przez Werbkowice.
Podczas wojny polsko-bolszewickiej w 1920 roku przez Werbkowice przeszły oddziały bolszewickie i dokonały dużych zniszczeń na plebanii. Znacznie tragiczniejszy był okres II wojny śwatowej. Już we wrześniu Niemcy wkroczyli do osady i spalili drewniany budynek szkoły oraz kilka domów z najbliższej okolicy. Pod koniec września przyszli na krótko Sowieci, którzy wycofując się na początku października zniszczyli i zrabowali wyposażenie dworu i majątku folwarcznego. Wkrótce wkroczyli do Werbkowic ponownie Niemcy. Okupanci w 1941 roku zorganizowali we wsi obóz pracy dla około 60 osób. Więźniowie pracowali w miejscowym majątku przejętym przez Niemców. Przez okres istnienia obozu przebywało tu łącznie ok. 500 więźniów. W czasie jego likwidacji w 1943 roku Polaków przewieziono do innych obozów, zaś Żydów rozstrzelano. Na początku okupacji Niemcy zbudowali w Werbkowicach nowoczesny, jak na tamte czasy, tartak. Przy budowie tartaku i w początkowej fazie produkcji do pracy wykorzystywano miejscowych Żydów.
Na terenie Werbkowic działał prężnie ruch partyzancki. W dniu 31 grudnia 1942 roku trzyosobowy patrol AK pod dowództwem K. Puchalskiego „Brzozy” wysadził most kolejowy pod Werbkowicami. Inne zdarzenie miało miejsce 10 marca 1944 roku, kiedy polscy partyzanci z AK i BCh napadli na siedzibę ukraińskiego kuszcza. Nie zdołano jednak wtedy zdobyć Werbkowic, a w realizacji tego zadania przeszkodzili Niemcy, którzy podczas okupacji mieli na terenie wsi swój posterunek żandarmerii. Istniał tutaj także posterunek policji ukraińskiej, którego komendantem był Kucharczuk.
W 1945 roku na bazie przedwojennego folwarku w Werbkowicach utworzono Państwowy Ośrodek Kultury Rolnej, który w 1946 roku włączono w struktury organizacyjne Państwowego Instytutu Gospodarski Wiejskiej w Puławach. W Werbkowicach powstał wówczas Zootechniczny Zakład Doświadczalny, zamieniony w 1968 roku na Zakład Doświadczalny Uprawy Nawożenia i Gleboznastwa (ZDUNG), a w 1986 roku na Instytut Uprawy i Nawożenia Gleboznastwa (IUNG). Iminia i nazwiska pierwszego dyrektora gospodarstwa nie ustalono. Później funkcję tę pełnili kolejno: Erwin Sławikowski (1949-1968), Leszek Pulikowski (1969-1975), Lechosław Drąg (1976-1977), Bogdan Kowalczyk (1978-1994) i od 1994 roku Jerzy Tomaszewski. Obecnie gospodarstwo posiada 540 ha gruntów, w tym 420 ha użytków rolnych i specjalizuje się w produkcji roślinnej i zwierzęcej.
Po wyzwoleniu z okupacji niemieckiej Werbkowice nadal pozostały siedzibą gminy, co w znacznej mierze rzutowało na powstanie szeregu instytucji. Już 15 września 1944 roku otwarto w miejscowości Agencję Pocztowo-Telekomunikacyjną (od 1 stycznia 1949 roku przemianowaną na Urząd Pocztowo- Telekomunikacyjny), mieszczącą się początkowo w siedzibie PKP, a od 1958 roku w siedzibie IUNGu. Pierwszym naczelnikiem placówki został Zygmunt Chrzanowski, którego w 1956 roku na krótko zastąpił Ryszard Mazur. W końcu 1956 roku stanowisko to objął Alfred Jakimczuk i pełnił funkcję naczelnika do 1978 roku. Jego następcami byli: Jerzy Jakumczuk (1978-2004) i Ewa Zając od 2004 roku. W czerwcu 1961 roku oddano do użytku nowy budynek, z przeznaczeniem na siedzibę UP-T. W 1992 roku odzielono Urząd Pocztowy od Telekomunikacji, jednak ze względu na zamontowanie telefonicznej centrali automatycznej w Werbkowicach nie było potrzeby tworzenia oddzielnej placówki telekomunikacyjnej. Ważną instytucją na terenie gminy Werbkowice była utworzona w 1948 roku Gminna Spółdzielnia „Samopomoc Chłopska”, działająca z różnym powodzeniem w handlu i usługach do 1998 roku. Pierwszym jej prezesem został Franciszek Grzyb, a poźniej funkcję tę pełnili kolejno: Winicjusz Sędłak, Marian Rębisz, Antoni Tywoniuk, Henryk Romaszko, Wacław Woźnica, Zabigniew Pochylczuk, Bogusława Słotwińska, Danuta Mazurek, Jan Kuś i Teresa Kawarska. W 1948 roku utworzono w miejscowości Kasę Zapomogowo-Pożyczkową im. Franciszka Stefczyka, przekształconą po 1956 roku w Spółdzielnię Oszczędnościowo-Pożyczkową, a w 1966 roku w Bank Spółdzielczy. Funkcję kierownika, a później dyrektora banku pełnili m. in.: Paweł Kostecki (1957-1983), Józef Dudek, a obecnie Antoni Czarnecki. Do znaczących dokonań władz gminy należy zaliczyć utworzenie Biblioteki Gminnej w 1949 roku, budowę Gminnego Ośrodka Zdrowia w 1953 roku oraz utworzenia przedszkola w 1951 roku. W gminie istnieje także posterunek policji. Długoletnim komendantem posterunku w latach 60-tych i 70-tych był st. sierż. Czesław Pokrywka.
Początki służby zdrowia datuje się pod koniec lat 40-tych lub na początku lat 50-tych XX wieku, kiedy utworzono w Werbkowicach Punkt Felczerski obsługiwany najpierw przez felczera Juliusza Kucharskiego, a później przez felczera Mieczysława Biełaszewskiego. W latach 1964-1967 zbudowano murowany budynek z przeznaczeniem na Ośrodek Zdrowia, przekształcony w 1973 roku w Gminny Ośrodek Zdrowia. Jego kierowniczką została najpierw lek. Genowefa Wierzchowska, a po niej lek. med. Małgorzata Wiśniewska. W 1999 roku w wyniku kolejnej reformy służby zdrowia powstał Niepubliczny Zakład Opieki Zdrowia, którym kieruje Małgorzata Wiśniewska i dwa dalsze Niepubliczne Ośrodki Opieki Zdrowia należące do lek. med. Marii Grabik i lek. med. Marzeny-Anetty Szemplińskiej- Marciniak.
Stosunkowo długie tradycje posiada także miejscowe Przedszkole utworzone w 1951 roku. Początkowo do tej placówki uczęszczało zaledwie 20 dzieci, a pierwszą wychowawczynią została Maria Marek. Jej miejsce zajęła wkrótce Wiesława Cebula, a po niej Przedszkolem kierowała Regina Bartuzi. Wraz z rozbudową osady i budową cukrowni „Werbkowice” ilość dzieci systematycznie wzrastała, co spowodowało powiększenie kadry wychowawczej. W 1959 roku kierowniczką przedszkola na długie lata została Krystyna Świstek, a rola tej placówki systematycznie rosła. W 1966 roku oddano do użytku murowany budynek z przeznaczeniem na przedszkole. W 1991 roku dyrektorką Przedszkola po Krystynie Świstek-Lisowskiej została Feliksa Kamienic, a od 1999 roku Krystyna Krawczyk.
W latach 1949-1950 skupem zbóż na terenie gminy Werbkowice zajmowała się Gminna Spółdzielnia „Samopomoc Chłopska” w Werbkowicach i Hrubieszowskie Zakłady Zbożowe. W skład tych ostatnich wchodziły 3 młyny i magazyny płaskie w Mojsławicach, Kopyłowie i Werbkowicach. Od 1 stycznia 1969 roku Hrubieszowskie Zakłady Zbożowe weszły w skład PZZ w Lublinie. Znaczenie magazynu w Werbkowicach systematycznie rosło i w 1974 roku oddano tutaj do użytku elewator zbożowy. 1 listopada 1975 roku utworzono w Jarosławiu Okręgowe Przedsiębiorstwo Państwowych Zakładów Zbożowych, w składzie których znalazły się także magazyny z Werbkowic, gdzie przeniesiono biuro z Hrubieszowa. Kierownikiem tych magazynów w latach 1975-1989 był Henryk Kowalski. Później funkcję kierownika, a od 1991 roku dyrektora pełnili kolejno: Ryszard Pietrzyk (1989-1991), Stanisław Niedźwiedź (1991-1994), Marian Grabik (1994-1996), Tadeusz Malasa (1996-1999) i Zbigniew Rugała (od 1999 r.). Po rozpadzie PZZ-tów w Jarosławiu w 1991 roku PZZ-ty w Werbkowicach stały się zakładem samodzielnym pod nazwą Przedsiębiorstwo Przemysłu Zbożowo Młynarskiego PZZ Werbkowice, skupiającym magazyny w Witkowie, Mirczu, Hrubieszowie i Mojsławicach. W 1997 roku PZZ-ty zostały sprywatyzowane i odtąd występują pod nazwą „ELWERB” Zakłady Zbożowo-Młynarskie Sp. z. o.o. Na początku XXI wieku magazyny po dawnych PZZ-tach wykupiły Zakłady Tłuszczowe w Bodaczowie.
W latach 1987-1989 wybudowano w Werbkowicach młyn gospodarczy, który organizacyjnie włączono w skład PZZ. Młyn, o wydajności najpierw 60, a później 100 ton mąki na dobę, oddano do użytku w 1989 roku, a jego pierwszym kierownikiem został Stanisław Niedźwiedź. W 2006 roku młyn sprzedano w ręce prywatne, a jego właścicielami zostali Władysław Brzozowski oraz Wojciech Goławski.
Obsługą rolnictwa w Werbkowicach i okolicy zajmowało się Kółko Rolnicze powstałe w latach 1963-1965, a pierwszym i wieloletnim prezesem był Mieczysław Pietrynka. Później Kółko Rolnicze przekształcono w Spółdzielnię Kółek Rolniczych, kierowaną przez Leona Słomińskiego, a w 1976 roku powstała Międzykółkowa Baza Maszynowa, w skład której weszły Spółdzielnie Kółek Rolniczych z Turkowic, Honiatyczek, Sahrynia, Terebińca, Gozdowa, Wilkowa, Werbkowic i Hostynnego. Pierwszym prezesem został Zbigniew Krasucki, a po nim fukcję tę pełnili kolejno: Zdzisław Pielech, Henryk Sołodko, Leon Szumiata, Marian Jakubowski (1980-2000), Roman Watras (2000-2002) i od 2002 roku Mieczysław Makara.
W wyniku reformy administracyjnej Werbkowice w latach 1955-1972 były siedzibą Gromadzkiej Rady Narodowej. Długoletnim przewodniczącym GRN był Edward Rafalski. W tym okresie poczyniono kolejne inwestycje. W latach 1961-1963 Lubelskie Przedsiębiorstwo Budownictwa Przemysłowego wybudowało w Werbkowicach cukrownię, wówczas największy tego typu obiekt w kraju.
Została ona uruchomiona 19 listopada 1963 roku. Pierwsza kampania trwała do 18 stycznia 1964 roku i przerobiono wtedy 39 850 ton buraków uzyskując 2373 tony cukru. Corocznie zwiększano ilość przerobionych buraków i wyprodukowanego cukru. W sezonie 1974/75 uzyskano rekordową ilość cukru - 60 625 ton. Obok cukru białego produkuje się rafinadę, wytwarzaną zaledwie przez trzy cukrownie w Polsce. Budowa cukrowni a później jej produkcja znacznie ożywiła rozwój miejscowości. Powstało szereg budowli towarzyszących zakładowi: mieszkania dla pracowników, hotel, stołówka i dom kultury. W 1996 roku Cukrownia „Werbkowice” została przekształcona z przedsiębiorstwa państwowego w jednoosobową spółkę Skarbu Państwa. Funkcję dyrektora (od 1996 r. prezesa) cukrowni pełnili: Zbigniew Michalski (1963-1966), Teodor Witkowski (1966-1967), Witold Pereta (1967-1970), Adolf Małyszek (1970- 1992), Antoni Zinkiewicz (1992-1998), Daniel Stefański (1998-2000), Kazimierz Kniaź (2000-2002), Jerzy Pasieka (2002-2006) i od 2006 roku Edward Wyłupek. Obecnie Cukrownia „Werbkowice” wchodzi w skład Holdingu „Polski Cukier”.
W 1963 roku przy Cukrowni „Werbkowice” powstała Zakładowa Ochotnicza Straż Pożarna. Założyli ją Edward Bosiak, Adolf Małyszek, Adam Cieślik i Zbigniew Michalski, który został pierwszym prezesem. W tym samym roku strażacy otrzymali motopompę, a w następnym samochód. ZOSP Cukrownia „Werbkowice” należy do najprężniej działających jednostek na terenie gminy.
Dodatkowych impulsów dla rozwoju Werbkowic dostarczyło utworzenie w roku 1973 gminy, która weszła w skład powiatu hrubieszowskiego.
W 1973 roku powstał Ludowy Klub Sportowy „Kryształ” Werbkowice, a jego pierwszym prezesem został Andrzej Malicki. Funkcję tę pełnili także m. in. Bogdan Mardofel, Adolf Małyszek i Piotr Strycharz. W 1990 roku klub przekształcono w Międzyzakładowy Ludowy Klub Sportowy.
Obecnie do ważniejszych punktów usługowych należy zbudowana w latach 2004-2007 przez Jerzego Zimona restauracja „Karolina”.
Duże zasługi na polu działań kulturalnych położył Gminny Dom Kultury. Dyrektorami tej placówki byli m. in. Antoni Pukos (1983-1990), Janusz Poterucha (1990-1993), Krystyna Niedźwiedź (1993-1995), Bogumiła Szura (1995-1999), Wiesław Majewski (1999-2007), Edyta Maciuk (2007- 2009) i od 2009 roku Andrzej Osuch.
W dziedzinie kulturalnej na uwagę zasługuje utworzony w 1978 roku przez Wandę Futymę Zespół Śpiewaczy. Wieloletnim kierownikiem grupy był Kazimierz Maciuk, a obecnie pieczę nad nim sprawuje Wiesław Majewski.
Obecnie Werbkowice są dużą miejscowością. W 2001 roku liczyły one 350 domów i 3100 mieszkańców, a pod koniec 2006 roku 3053 mieszkańców.
Źródło: Ewa Niedźwiedź, Józef Niedźwiedź, Józef Siudak "Dzieje miejscowości gminy Werbkowice powiat hrubieszowski"
Według stanu na 18.11.2016 miejscowość liczyła 794 domy/mieszkania i 2867 mieszkańców.