Wieś położona w północno-wschodniej części gminy Werbkowice, nad rzeką Huczwą, w obrębie Działów Grabowieckich. Nazwa miejscowości jest zrusyfikowaną nazwą topograficzną i oznacza „pod górką”. Powstała zapewne ok. XII-XIII wieku na co wskazują materiały archeologiczne.
W wyniku badań powierzchniowych prowadzonych w ramach Archeologicznego Zdjęcia Polski (AZP) na terenie miejscowości odkryto 57 stanowisk (punktów osadniczych). Najstarsze ślady osadnictwa sięgają początków neolitu i związane są z kulturą ceramiki wstęgowej rytej (5500-5200 r. p.Chr.). Podczas badań wykopaliskowych przeprowadzonych w 1982 roku odkryto tu pozostałości osady tej kultury w postaci dwu jam gospodarczych oraz fragmentów ceramiki i narzędzi krzemiennych. Następne zabytki związane są z kulturą lubelsko-wołyńską (4700- 3400 r. p.Chr.), a zaliczono do niej obok fragmentów ceramiki również odłupki i drapacz krzemienny. Liczne materiały łączyć można z kulturą pucharów lejkowatych (4200-2900 r. p.Chr.), reprezentowane są one głównie przez ceramikę, w mniejszym stopniu również przez materiał krzemienny. Część materiału pozyskanego w trakcie badań powierzchniowych datowana jest ogólnie na neolit.
Dalsze osadnictwo rozwijało się tutaj we wczesnej epoce brązu. Zarejestrowano tu ceramikę charakterystyczną zarówno dla kultury mierzanowickiej (2300-1600 r. p.Chr.) jak i strzyżowskiej. Na terenie miejscowości odkryto także dość liczny materiał ceramiczny kultury trzcinieckiej (1600- 1200 r. p.Chr.) oraz łużyckiej (1200-400 r. p.Chr.). Kolejne ślady osadnictwa pochodzą z młodszego okresu przedrzymskiego i związane są z grupą czerniczyńską (200 r. p.Chr.-pocz. n.e). Fragmenty naczyń glinianych tej grupy zarejestrowano na 8 stanowiskach. Licznie też występują zabytki z okresu rzymskiego, a część z nich została precyzyjniej zaliczona do grupy masłomęckiej (III – pocz. V w.). Najwięcej odkrytych zabytków datowanych jest na okres wczesnośredniowieczny, a osady z tego okresu pojawiły się przed X wiekiem, choć większość pochodzi zapewne z XII-XIII wieku.
Po raz pierwszy miejscowość notowana jest w źródłach w roku 1449, kiedy występował Jakub Dusza z Podlodowa i Podhorzec, wojski horodelski. Wzmianki o nim pojawiały się w dokumentach do 1484 roku. Współwłaścicielami wsi w roku 1473 byli także: Maciej Dusza i Wacław Dusza. Rejestr poborowy z roku 1472 wskazywał w Podhorcach 6 łanów użytków gruntowych, młyn o 2 kołach oraz dwie karczmy. Wówczas wieś należała do powiatu horodelskiego i województwa bełskiego. Podhorce należały wówczas do najbogatszych miejscowości w okolicy. Jakub Podlodowski wymieniany był jeszcze jako właściciel w roku 1473, kiedy kupił od Andruszki Mateckiego i Waśki Skoruty wieś Bogucice. W roku 1531 Podhorce należały do parafii łacińskiej w Trzeszczanach i notowano wówczas 6 i 1/4 łana użytków gruntowych, młyn o 1 kole oraz opustoszałą cerkiew. Następny znany właściciel Łazarz Góźdź, był dziedzicem Gozdowa, Podhorzec, Gdeszyna i Cześnik, choć nie gospodarzył tu osobiście, a swoje dobra wydzierżawił w roku 1557 na 6 lat swemu wójowi, Janowi Strzechowskiemu, żonatemu z Reginą Bydłowską.
W roku 1578 Podhorce należały do Goździa (zapewne Jana), który zapłacił podatek przez swego wójta z 8 łanów użytków, 8 zagrodników z ziemią, 6 komorników, 1 szewca i 1 kuśnierza. Jan zmarł w 1589 roku pozostawiając małoletnie dzieci: Jana, Daniela, Annę i Katarzynę. W latach 1589-1604 dobrami Goździów zarządzał Paweł Orzechowski. W 1604 roku dobra przejął Jan Góźdź, a następnie jego syn Stanisław, który w 1641 roku dokumentem z 1 stycznia ufundował i uposażył klasztor prawosławny p.w. Narodzenia Matki Boskiej w Podhorcach, a ihumenem został wtedy Pafnucjusz Oborowiecki. Monaster ten przystąpił do unii dopiero w 1685 roku, kiedy dwaj przebywający tu mnisi, Józef Sozakiewicz i Jow Zubik, podporządkowali się zwierzchnictwu unickiego biskupa Jakuba Suszy. Znacznie wcześniej istniała we wsi cerkiew, o której pierwsza wzmianka pochodzi z roku 1531 i występuje ona w źródłach do 1573 roku. W 1749 roku Stanisław Góźdź ufundował we wsi nową, drewnianą cerkiew p.w. Przemienienia Pańskiego, która przetrwała do lat 50-tych XX wieku. W 1840 roku w skład unickiej parafii wchodziły: Podhorce, Gozdów i Wilków. W XIX wieku proboszczami tej parafii byli: w latach 1824-1849 Antoni Lebedyński [Starszy], w latach 1851-1875 Antoni Lebedyński [Młodszy], a w 1879 roku Józef Baczyński, notowany na tym stanowisku jeszcze w 1904 roku. W 1872 roku parafia unicka liczyła 1076 wiernych. W okresie międzywojennym istniała tutaj parafia prawosławna. W latach 1928-1929 duchownym prawosławnym w Podhorcach był Konstanty Fedorowicz.
Wyznawcy religii rzymskokatolickiej należeli od XV wieku do parafii w Trzeszczanach, w latach 1715-1919 do Hrubieszowa, a od 1919 roku do utworzonej wówczas parafii w Werbkowicach. Liczba wiernych tego obrządku była niewielka i wynosiła w roku 1832 zaledwie15 osób, natomiast w 1851 - 39 osób.
W 2 połowie XVII wieku zmieniły się stosunki własnościowe dóbr. Zapewne po Goździach wieś przejął Stefan Stanisław Czarniecki (zm. 1703), pisarz polny koronny, żonaty z Katarzyną Koniuską, który w 1680 roku zapisał dominikanom hrubieszowskim 3000 złp i ubezpieczył je na dobrach Podhorce. Był on jeszcze właścicielem wsi około 1700 roku. Można się domyślać, że córka Stefana Stanisława Czarnieckiego - Zofia Aniela, wychodząc za mąż za Michała Potockiego, wojewodę wołyńskiego, wniosła mu Podhorce w posagu. W 1717 roku Podhorce wraz z Nowosiółkami, Moniatyczami, Mojsławcami, Rogowem, Świdnikami i Trzeszczanami należały do [Michała] Potockiego. Zapewne po nim wieś dziedziczył syn Feliks, kasztelan słoński, żonaty z Marią Daniłowicz, notowany właścicielem w 1757 roku. W 1773 roku Podhorce były w posiadaniu Teresy Potockiej, ale wkrótce trafiły w ręce Wydżgów. W 1804 roku od Ludwiki z Wydżgów Świeżawskiej, a w 1808 roku od Martyny z Wydżgów Wilczopolskiej Podhorce i Nieledew kupił Ignacy Restytut Bukowski, żonaty z Ewą z Niezabitowskich, po pierwszym mężu Zieleniewską. Po śmierci Ignacego w 1814 roku dobra objęła żona, która zmarła w 1827 roku. Wówczas wieś otrzymali w spadku dzieci: Ewa z Bukowskich, po pierwszym mężu Komorowska, po drugim Kęszycka i Tekla z Bukowskich Grabowska, żona Józefa. Od tych ostatnich w 1828 roku za 118 tys. złp dobra kupił Dominik Boczarski, ale po roku sprzedał je Alojzemu Poletyle. Drugą część majątku po Ewie Keszyckiej odziedziczył syn z pierwszego małżeństwa Ludwik Komorowski, który w 1835 roku przekazał je swemu synowi Stefanowi. Ten ostatni odsprzedał majątek w roku następnym Alojzemu Poletyle. W 1854 roku córka Alojzego Alojza wyszła za mąż za Tytusa Wojciechowskiego i wniosła mu dobra w wianie. Z kolei ich córka Teresa Joanna Maria wyszła w 1871 roku za mąż za Marcelego [Marcelina] Wydżgę z Wożuczyna i objęli w posiadanie dobra Podhorce. W 1902 roku majątek po rodzicach otrzymał syn Tomasz i użytkował go w części do II wojny światowej.
W 1827 roku wieś należała do parafii Hrubieszów i liczyła 78 domów, 436 mieszkańców oraz 2189 morgów użytków, w tym 1196 mórg zajmowała wieś i 993 mórg folwark. W 1834 roku zbudowano w Podhorcach magazyny gromadzkie w celu magazynowania zboża jako zabezpieczenie przed klęskami elementarnymi. W 2 połowie XIX wieku istniały we wsi dwa młyny wodne i gorzelnia, która w 1896 roku wyprodukowała 33 000 wiader spirytusu.
Podczas I wojny światowej od 3 lipca do 7 sierpnia 1915 roku trwały w pobliżu wsi walki wojsk rosyjskich z austriackimi. Dokładny przebieg walk nie jest znany. Polegli wówczas żołnierze zostałi pochowani we wspólnej mogile w Podhorcach. Na założonym tam cmentarzu istnieje 9 mogił zbiorowych i 39 indywidualne.
W okresie międzywojennym wieś należała do gminy Werbkowice. W 1921 roku liczyła 132 domy i 794 mieszkańców, w tym 12 Żydów i 685 Ukraińców. Część wsi o pow. 556 ha posiadał Józef Wydżga, a część Stanisław Sękowski. Obaj byli też współwłaścicielami gorzelni, cegielnia natomiast należała do S. Sękowskiego. W roku 1938 wieś liczyła 165 domów.
W 1924 roku Jan Drozda, Bolesław Stankiewicz, Michał Poninkiewicz i Antoni Czerwieniec założyli Ochotniczą Straż Pożarną w Podhorcach. W roku następnym wybudowano pierwszą remizę. Pierwszym prezesem został Bolesław Stankiewicz. W 1949 roku strażacy dostali motopompę, w 1964 roku wybudowano nową remizę, a od 1973 roku straż posiadała samochód481.
W roku 1945 dotychczasowa cerkiew, ufundowana jeszcze przez Stanisława Goździa w 1749 roku, została wyświęcona na kościół katolicki, który był kościółkiem filialnym parafii Werbkowice. W roku 1951 świątynia spłonąła od uderzenia pioruna, dlatego w latach 1953-1957 wybudowano nowy, drewniany kościółek, o wym. 16,91 x 6,05 m. Jest on posadowiony na podmurówce, konstrukcji wieńcowej, obustronnie oszalowany. Posiada nawę założoną na rzucie prostokąta, przed którą dostawiono obszerną kruchtę o równej z nawą szerokości. Prezbiterium świątyni zamknięte jest trójbocznie, a z obu stron dobudowano do niego zakrystie. Kościółek p.w. św. Stanisława Biskupa został poświęcony 22 XII 1957 roku. Obok kościoła znajduje się drewniana dzwonnica z XVIII wieku, o konstrukcji słupowo ramowej, z zewnątrz oszalowana, czworoboczna, dach namiotowy pobity gontem. W 1998 roku kościółek jako filialny włączono do parafii w Gozdowie.
Zapewne pod koniec XIX lub na początu XX wieku powstała we wsi szkoła rosyjska. W 1914 roku uczył tutaj Jan [Iwan] Czeremis. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości istniała we wsi szkoła polska. W okresie międzywojennym uczyli m. in. Waleria Szczepańska, Antoni Jabłoński i Eugenia Dąbrowska. W 1947 roku wznowiono naukę w szkole, która mieściła się w starym budynku drewnianym, a w latach 1973-1980 w pomieszczeniach Straży Pożarnej. Wieloletnim kierownikiem szkoły był Wawrzyniec Rudyk.
Trudne warunki nauki zmusiły mieszkańców do budowy szkoły. Inwestycję tę prowadzono w latach 1974-1980. W tym czasie, bo od roku 1974 obniżono stopień organizacyjny szkoły do 3-klasowej. Dopiero w 1980 roku gdy oddano do użytku murowaną szkołę piętrową podwyższono jej stopień do 8-klasowej. Wówczas dyrektorem szkoły został Tadeusz Mazurek, a w 1990 roku funkcję tę przez rok pełniła Krystyna Mazurek. W 1991 roku dyrektorką szkoły została Irena Rogal i kierowała nią do 1994 roku. Po niej obowiązki przejął Grzegorz Mucha, który po kilku latach ze względów zdrowotnych zrezygnował z tej funkcji. Jego następczynią w 1998 roku została Grażyna Drozd, a od 1999 roku dyrektorką szkoły jest Małgorzata Wojturska.
Do ważniejszych inicjatyw społecznych mieszkańców w okresie powojennym należy zaliczyć budowę klubo-kawiarni i punktu skupu mleka w 1964 roku oraz elektryfikację wsi w 1969 roku. W latach 1957-1961 istniała we wsi cegielnia „Nowa Wieś”, którą założyło i prowadziło 6 osób. Kierownikiem tej cegielni był Józef Szyport z Werbkowic. W latach 60-tych założono we wsi Kółko Rolnicze, a jednym z prezesów w 1970 roku był Teofil Chodorowski.
W 2001 roku Podhorce liczyły 120 domów i 486 mieszkańców, a pod koniec 2006 roku 454 mieszkańców.
Źródło: Ewa Niedźwiedź, Józef Niedźwiedź, Józef Siudak "Dzieje miejscowości gminy Werbkowice powiat hrubieszowski"
Według stanu na 18.11.2016 wieś liczyła 106 domów i 410 mieszkańców.
