Wieś położona w środkowej części gminy Werbkowice, na terenie Kotliny Hrubieszowskiej, w międzyrzeczu Siniochy i Huczwy. Powstała zapewne w X-XIII wieku, gdyż od tego czasu datuje się ciągłość osadnictwa w miejscowości.
W wyniku badań powierzchniowych prowadzonych w ramach Archeologicznego Zdjęcia Polski (AZP) na terenie miejscowości odkryto 24 stanowiska (punkty osadnicze). Po raz pierwszy człowiek pojawił się na terenie tej miejscowości na początku neolitu. Najstarsze zabytki archeologiczne związane są z kulturą ceramiki wstęgowej rytej (5500-5200 r. p.Chr.). Podczas badań wykopaliskowych przeprowadzonych w latach 1959-60 odkryto 5 owalnych jam gospodarczych, w których znaleziono fragmenty naczyń glinianych, fragment glinianego przęślika, częściowo obrobiony róg, szydło kościane, drapacz i nóż krzemienny oraz jednopiętowy rdzeń krzemienny. Dalsze zabytki dotyczą kultury lubelsko-wołyńskiej (4700-3400 r. p.Chr.), do której zaliczono, odkryte podczas badań wykopaliskowych, dwa groby szkieletowe wyposażone w dużą ilość naczyń glinianych malowanych białą farbą: pucharki doniczkowate i czarki gruszkowate, a także amforki. Z badań powierzchniowych znane są nieliczne fragmenty ceramiki należącej do kultury pucharów lejkowatych (4200-2900 r. p.Chr.) oraz kultury amfor kulistych (2700-2500 r. p.Chr.). Z ostatnią kulturą neolityczną – kulturą ceramiki sznurowej (2900-2200 r. p.Chr.) związane są dwa groby szkieletowe, wyposażone w naczynia gliniane zdobione odciskami sznura, toporek kamienny oraz gładzik kościany. Z badań wykopaliskowych pochodzą również nieliczne fragmenty naczyń kultury trzcinieckiej (1600-1200 r. p.Chr.). Natomiast licznie reprezentowana jest tu kultura łużycka (1200-400 r. p.Chr.). Odkryto pięć jam gospodarczych datowanych na okres halsztacki (650-400 r. p.Chr.), w których znaleziono dość bogaty materiał ceramiczny. Sporo fragmentów garnków glinianych znaleziono również w 17 obiektach zaliczonych do grupy czerniczyńskiej (200 r. p.Chr. - pocz. n.e), w tym część tzw. kozła ogniowego. Z badań powierzchniowych znanych jest kilka stanowisk zaliczonych do kultury przeworskiej (pocz.n.e - III w.). Ciekawy i liczny materiał ceramiczny datowany na III - poł. IV wieku n.e związany z grupą masłomęcką został odkryty podczas wykopalisk. Odkryto tutaj grób szkieletowy wyposażony w naczynia toczone na kole i lepione ręcznie, pucharek szklany oraz srebrną zapinkę. Dość licznie występuje na terenie Kotorowa wczesnośredniowieczny materiał ceramiczny datowany na IX-XIII wiek.
Po raz pierwszy wieś notowano w roku 1394, kiedy została zaliczona do parafii łacińskiej w Grabowcu, założonej przez księcia Ziemowita IV. Przed rokiem 1449 Kotorów, podobnie jak Konopne, otrzymał z rąk książęcych Gotard z Życka, który w tym właśnie roku zamienił z Jakubem z Kargoszyna obie wsie oraz Malice za Kargoszyn z dopłatą 100 kóp groszy. W połowie XV wieku wieś należała do nowopowstałej parafii łacińskiej w Malicach. Prawdopodobnie Kotorów był wtedy własnością Malickich (Stompora z Malic). W roku 1472 wieś liczyła 4 łany użytków i należała do powiatu grabowieckiego woj. bełskiego. Od 1562 roku właścicielami Kotorowa byli Łysakowscy, ale w 1581 roku wieś należała już do Piotra Stabrowskiego herbu Lubicz, żonatego z Fiodorą z Sanguszków. Piotr Stabrowski zmarł w 1619 roku, a jego dobra odziedziczyły dzieci: Krzysztof, Adam, Jan i Aleksander. Przez pewien czas Konopne należało także do Wojciecha Stabrowskiego. W 1 poł. XVII wieku dziedzicami wsi byli Chrzanowscy, a w 1664 roku Andrzej Wiśniowski, podstarości grodzki chełmski, żonaty z Zofią Świrską. Zmarł on między 1665 a 1668 rokiem, a wdowa po nim wyszła za mąż za Jana Karola Romanowskiego. W rejestrze poborowym z 1677 roku jako właściciel wsi figuruje Firlej, zapewne Mikołaj. Na pocz. XVIII wieku wieś należała do Aleksandra Łaszcza, kasztelana bełskiego, żonatego z Katarzyną z Firlejów. Po śmierci Katarzyny dobra powróciły do rodziny Firlejów, z których Marianna Firlej wychodząc za mąż w 1722 roku za Karola Sapiehę wniosła mu dobra werbkowieckie [wraz z Kotorowem] w wianie. Jeszcze w 1757 roku, kiedy notowano we wsi młyn rzeczny o 2 kołach, wieś należała do Sapiehy. Część majątku po Firlejach (klucz werbkowicki i terebiński) w 1754 roku otrzymały dzieci Antoniego Gołuchowskiego i Anny Noskowskiej, z których Józef sprzedał swoją część bratu Konstantemu w 1763 roku, Marianna sprzedała swemu mężowi Kempistemu w 1764 roku i Hryniewickiemu w 1780 roku, a Konstanty sprzedał swoją część Małachowskiemu. W 1771 roku właścicielem części dóbr werbkowickich był Andrzej (Jędrzej) Sierakowski. W latach 1771-1788 od licznych spadkobierców dobra kupił Teodor Szydłowski, wojewoda płocki. W 1793 roku sprzedał on Werbkowice [wraz z Konopnem i Kotorowem] za 120 tys. złp Adamowi Kazimierzowi Szydłowskiemu herbu Lubicz. Po nim majątek mocno zaniedbany odziedziczył jedyny syn Antoni (ur. 1813). W krótkim czasie doprowadził gospodarstwo do rozkwitu specjalizując się w hodowli owiec. Po Antonim Szydłowskim w 1891 roku dobra odziedziczyła w części żona Elżbieta Richthofen-Szydłowska, a w części Antoni Borżewski. Ten ostatni sprzedał swój majątek w 1902 roku Edwardowi Chrzanowskiemu, który z kolei przekazał go w 1908 roku swej córce Teresie jako wiano. Po Elżbiecie Szydłowskiej w 1912 roku majątek odziedziczyła Eliza z Michałowskich Śląska i odsprzedała jeszcze w tym samym roku Teresie z Chrzanowskich Rulikowskiej, żonie Wincentego. W czasie okupacji w 1943 roku majątek jako „Liegenschaft Werbkowice” na krótko przejęło Generalne Gubernatorstwo, a w roku 1946 dobra o powierzchni 1085,34 ha przejęto na rzecz Skarbu Państwa.
W XIX wieku Kotorów był niewielką wsią. Spis z 1827 roku notował wieś w powiecie hrubieszowskim i parafii Hrubieszów. Liczyła wówczas 16 domów i 110 mieszkańców, a pod koniec XIX wieku 48 domów i 606 mórg ziemi włościańskiej, które uzyskali włościanie w wyniku uwłaszczenia w 1864 roku.
Nieuregulowane sprawy własności serwitutów były przyczyną wystąpień chłopskich w roku 1897, kiedy mieszkańcy Kotorowa walczyli o prawa serwitutowe. Podobnie jak w innych miejscowościach chłopów zmuszono do posłuszeństwa przy pomocy policji i wojska.
W roku 1921 wieś liczyła 43 domy i 269 mieszkańców, w tym 135 Ukraińców. Miejscowość Krynki, wchodząca obecnie w skład Kotorowa liczyła wówczas 8 domów i 54 mieszkańców, w tym 41 Ukraińców. W roku 1938 w Kotorowie było 72, a w Krynkach 12 domów. W okresie międzywojennym istniał we wsi drewniany wiatrak, który rozebrali nowo osiedleni mieszkańcy pod koniec lat 40-tych XX wieku.
Tradycje szkolne sięgają roku 1904 gdy istniała we wsi szkoła cerkiewna, a uczył w niej Wasyl Juszczuk. Prawdopodobnie po 1905 roku szkołę zlikwidowano, bowiem nie wymieniają jej źródła z 1914 roku. W 1937 roku utworzono we wsi polską szkołę 4-klasową, która przerwała swoją działalność podczas okupacji. Nauka odbywała się początkowo w Domu Ludowym, jednak ze względu na jego zły stan techniczny, przeniesiono zajęcia wkrótce do mieszkania prywatnego. Nauczycielem był wówczas Józef Strzelecki z Hostynnego i uczył tutaj do wybuchu II wojny światowej. Podczas okupacji utworzono we wsi szkołę ukraińską. W 1946 roku wznowiono naukę w szkole 4-klasowej. Pierwszym powojennym nauczycielem został Stanisław Chytry. Później uczyła tutaj Teresa Witemborska, Bolesława Bajwoluk (1957-1960), Bednarek (1960-1961), Maria Chyrchało (1961-1970) i Janina Krasna (1970-1975). Z powodu małej ilości dzieci szkołę zlikwidowano w 1975roku.
Do ważnej inwestycji doszło w 1959 roku, kiedyna gruntach werbowickiego IUNG-u rozpoczęto budowę Gospodarstwa Rolnego w Kotorowie. Wybudowano wówczas kilka budynków gospodarczych i jeden mieszkalny.
W 1959 roku z inicjatywy Stanisława Chomika, Daniela Krzyżanowskiego, Stefana Traczuka i Władysława Prystupy powstała w Kotorowie Ochotnicza Straż Pożarna. Pierwszym prezesem był Ryszard Pożoga. W 1966 roku strażacy dostali motopompę, w latach 1976-1980 wybudowali remizę, a w latach 1996-2000 świetlicę wiejską. Ważnym wydarzeniem dla mieszkańców wsi była jej elektryfikacja w 1963 roku oraz budowa drogi utwardzonej w 1974 roku. W 1971 roku wieś otrzymała połączenie telefoniczne.
Z Kotorowem związane były losy poety ludowego Stanisława Buczyńskiego, który pod koniec swego życia przeniósł się wraz z rodziną z Hrubieszowa do Kotorowa. Zmarł w 1982 roku i został pochowany na cmentarzu parafialnym w Hostynnem. Na skraju lasu, tuż obok przysiółka Krynki znajduje się źródełko wodne i niewielka drewniana kapliczka poświęcona Matce Bożej. Według miejscowego podania w 1672 roku oddział tatarski agi Halima spalił pobliskie wsie: Kotorów, Malice i Terebiń oraz wymordował wielu ich mieszkańców. Część ludności ukryła się w pobliskim lesie, a gdy do niego zbliżali się Tatarzy, na ich drodze ukazało się jaskrawe, oślepiające światło. Tatarzy przerazili się i ominęli wioskę szerokim łukiem. Inne zdarzenie miało miejsce w 1863 roku, kiedy polscy powstańcy podczas pościgu zostali w tym miejscu cudownie ocaleni. W podzięce za uratowanie życia postawili w tym miejscu drewnianą kapliczkę. Rok 1863 widnieje na jednej z drewnianych belek znajdujących się w kapliczce. Obecnie przy kapliczce odbywa się coroczny odpust w najbliższą niedzielę po 15 maja.
W 2001 roku Kotorów liczył 55 domów i 251 mieszkańców, a pod koniec 2006 roku 212 mieszkańców.
Źródło: Ewa Niedźwiedź, Józef Niedźwiedź, Józef Siudak "Dzieje miejscowości gminy Werbkowice powiat hrubieszowski"
Według stanu na 18.11.2016 wieś liczyła 48 domów i 234 mieszkańców.
