Gmina Werbkowice położona jest w zachodniej części powiatu hrubieszowskiego, jej powierzchnia wynosi 188,26 km2, co stanowi 14,83% powierzchni powiatu.

Gmina Werbkowice jest gminą graniczną powiatu, sąsiaduje ona z gminami:

  • Hrubieszów od północnego wschodu,

  • Mircze od południowego wschodu,

  • Tyszowce od południa,

  • Miączyn od zachodu,

  • Trzeszczany od północy.